Chiến thuật gia người Argentina đã huấn luyện JDT cho danh hiệu AFC Cup lịch sử năm 2015 khi họ đánh bại Tajikistan tựa FC Istiklol 1-0 để trở thành câu lạc bộ đầu tiên từ Malaysia nâng danh hiệu lục địa.
Gomez, 62 tuổi, sau đó được bầu làm huấn luyện viên đội tuyển bóng đá quốc gia Malaysia vào năm 2017, tuy nhiên đã không đảm nhiệm vị trí này sau khi các cuộc đàm phán về tiền lương bị phá vỡ. Anh được nhìn thấy lần cuối trong vai trò quản lý với Liga 1 bên Persib trong mùa giải 2017-18.
Borneo kết thúc thứ bảy trong bảng xếp hạng Liga 1 mùa giải 2018 – kém 14 điểm so với nhà vô địch Persija Jakarta – và sẽ hy vọng cải thiện điều đó khi mùa giải trong nước bắt đầu vào ngày 8 tháng 5
Tôi chào mừng Mario Gomez và chúc mừng anh ấy gia nhập Borneo FC. Tôi hy vọng anh ấy có thể cải thiện câu lạc bộ này thậm chí còn tốt hơn, chủ tịch của Nave Husein, ông Nave Husein, kêu gọi người hâm mộ tham gia để hỗ trợ đội bóng trong suốt chiến dịch sắp tới.